Главным понятием экологии является понятие экосистемы, которое обозначает свойственную определённым условиям физической среды совокупность растений и животных, устойчиво связанных между собой.

В настоящее время экология распалась на ряд научных отраслей и дисциплин, подразделяемых в соответствии с:

• размерами объектов изучения: аут(о)экология (организм и его среда), популяционная, или демэкология (популяция и её среда), синэкология (экосистема и её среда), ландшафтная экология (крупные геосистемы с участием живого и их среда), глобальная экология, или мегаэкология (учение о биосфере Земли;
• отношением к предметам изучения: экология микроорганизмов, экология грибов, экология растений, экология животных, экология человека, сельскохозяйственная экология, промышленная экология, общая экология;
• средами и компонентами: экология суши, экология пресных водоёмов, экология морская, экология Крайнего Севера, экология высокогорий, экология химическая;
• подходом к предмету: аналитическая экология, динамическая экология;
• фактором времени: историческая, эволюционная.